В аккаунте одном не удалялись письма. Приглядевшись, заметил что нету корзины (в русской версии — папка «Удаленные»)

Щелкаем в Thunderbird справа на гамбургер — > Справка — > Информация для решения проблем — > Открыть каталог

Открывается папка, где Thunderbird хранит свои файлы, жмакаем в Mail, выбираем папку соответствующего аккаунта и смотрим, есть ли файлы Trash и Trash.msf

У меня не было — пришлось создавать. Правой кнопкой ->Открыть в терминале-> touch Trash и touch Trash.sf

Проверяем:

И письма снова удаляются 🙂